A interminável batalha de Alita continua. Sem poder escapar de seu destino de lutas sem fim, a garota que se revoltou com o domínio da cidade aérea de Zalem vence a batalha contra o cientista insano Desty Nova. Porém, logo em seguida, Alita é pega desprevenida em uma cilada. E então… depois de um longo período adormecida, logo que desperta, ela se depara com o cadáver de Nova e uma Zalem tomada pelo caos.
